Dua-duanya benar, hanya beda konteks penggunaan.

"What do you do?" digunakan untuk menanyakan profesi atau pekerjaan seseorang, sama maknanya dengan "What is your job?". Jawaban pertanyaan ini misalnya "I'm a pilot" atau "I'm a nurse."

"What are you doing?" digunakan untuk menanyakan aktivitas yang saat ini dilakukan. Jawaban dari pertanyaan ini bisa seperti "I'm cooking right now." atau "I'm writing a letter."